空间多组学分析

1、公司可以提供哪些空间多组学服务?

我们提供原位测序、单分子RNA显色原位杂交(smCISH) 、单重和多重RNA荧光原位杂交、新鲜冰冻样本空间转录组、 FFPE样本空间转录组等全链条空间多组学技术服务;具体服务请通过网页上的电话或邮箱联系我们。

2、空间多组学对样品质量有要求吗?

有;一般要求对新鲜冷冻样品和石蜡样品用不同的kits提取RNA进行质检,要求新鲜冷冻样品RNARIN7.0;石蜡样品的RNA DV20050%

3、我们原位测序技术有哪些优势?

我们是国内首家提供原位测序技术服务的公司,通过利用原位放大及荧光组合编码技术,实现对高达4nRNA分子的检测,可为空间转录组学研究寻找新的药物靶点以及临床前诊断等领域提供新的思路方法;具有实验操作简单,周期短,高效、特异、高敏,高信噪比,重复性好等特点。

4、我们杂交和原位测序是否可以提供定制化服务?

可以的;根据客户需求设计定制探针,制定个性化实验Panel

5、原位杂交 ISH和原位测序 ISS 检测通量各是多少?

ISH 检测通量为≤4 RNA 靶标;ISS 最高通量可达 256 RNA 靶标,同时可以向下兼容 ISH 的检测范围,通常我们会建议检测基因数为 100 个左右,检测 200+个基因不免会存在探针竞争的问题,很可能会导致最终检测效率的降低。

6、多重荧光原位杂交试剂盒的检测通量是多少?

这款试剂盒的检测通量为 1-4 RNA 靶标,测试量为 30 个反应。

7、不同样本会有什么影响吗?比如 FFPE 样本和 FF 样本会不会有区别?

会有区别,一般石蜡样本RNA 片段化严重,会导致 RNA 序列完整性较差,但可通过先能生物高效的的检测技术,结合增加探针数量的方式进行弥补,对 FFPE 样本不会有太大的限制,样本容忍度高。

8、FFPE 样本年限有没有固定要求?

一般建议使用 3 个月以内制备的石蜡样本进行 RNA 原位分析的实验,结合质检结果进行样本可用性判定。遇到挑选样本困难等问题,可以先进行样本 RNA 质量评估,如果质检合格即可进行正式基因检测,没有明显固定的年限要求。

9、RNA 原位分析是如何质控的?

通过阴、阳性对照基因进行质控(阳性:中低、高表达的管家基因;阴性:通常选用细菌的序列)。

10、RNA 原位测序是否需要进行 PCR 扩增来保证足够量的信号放大?

先能生物的 RNA 原位测序技术无需对 RNA 本身进行 PCR 扩增和测序,是在 RNA 原位进行探针杂交后进行 RCA 滚环扩增,放大探针上的检测序列,然后对人为分配给 RNA 靶标的 Barcode 进行短片段读长的测序;另外,我们的测序方法是在测序化学上进行了提升,采用边连接边测序的策略,能够真正实现原位检测。

11、我们的技术可以定量、定性吗?

可以定性,但是定量只能做到相对定量,还不能做到绝对定量。 类似的技术手段也很难实现绝对定量,我们的技术可以对 RNA 的检出进行荧光信号计点定量,但是严格意义上来讲也不能做到绝对定量。

12、最终的正式实验是否会同时进行内参基因的检测?

会的;正式实验时,我们会利用两张连续切片,一张进行正式基因的检测,一张进行内参等质控基因的检测。